在分析過程中經常會遇到各種各樣的問題，通過查找原因，排除故障，確保儀器的正常穩定運行，監測分析質量才可得到保證。
當雙活塞泵的閥污染，活塞密封墊污染嚴重或損壞時，會出現高噪聲的基線、脈沖現象。
解決方法：清洗閥及活塞。用擦洗粉清洗顆粒物或沉積物污染了的活塞，并用高純水沖洗。
基線飄移是離子色譜儀使用中最常見的現象，其產生原因多種多樣，儀器溫度尚未達到平衡、系統泄漏、淋洗液有氣泡、淋洗液里有機溶液汽化蒸發、淋洗液放置時間長等都會引起基線飄移。
解決方法：采用排查法。可采用啟動加熱功能，調節系統；檢查管路和密封圈，確保密閉；淋洗液脫氣或三通閥排氣；檢查淋洗液瓶蓋，確保密封；重新配制淋洗液等手段解決。
壓力突然下降產生的原因比較單一，是由于有氣泡、氣筒泄漏或者泵頭需要維護時導致的，較容易解決。采取排氣或打開脫氣裝置;檢查連接部位，確保密閉;檢查清理泵頭、閥、密封圈等手段一般都可解決。而壓力突然上升的產生原因則相對復雜，淋洗液有固體小顆粒、超純水品質不良或過濾單元污染、分離柱填料發生改變，分離柱堵塞、抑制器堵塞、電導檢測器堵塞、過濾器堵保護柱堵塞、六通閥堵塞等故障都會引起壓力的突然上升。
解決方法：采用排查法，從流路的檢測器端開始，逐一拆開各個單元，確定引起壓力增大的具體部件，對其進行清洗。若是分離柱引起的，可通過再生分離柱或更換分離柱解決；若是抑制器引起對抑制器進行再生處理；若是濾芯、保護柱引起的，將其更換則可。
分離柱分離能力變差、淋洗液有氣泡、淋洗線路漏液或堵塞、淋洗液放置時間過久都會導致分辨率差和保留時間改變。
解決方法：分離柱再生或更換、淋洗液脫氣、柃查淋洗液流確保無漏液，無堵塞、重新配制淋洗液。
前一次測量的樣品有殘留會引起峰面值大于預期，通過兩次取樣之間將系統用更長時間沖洗則可解決。峰面值小于預期是由于樣品進樣管路有漏液或堵塞、定量環未充滿、樣品中有氣泡等因素引起。
解決方法：柃查樣品流路，確保無泄漏、無堵塞;增進進樣時間，確保定量環充滿樣品，樣品進行脫氣處理。
分離柱端口的死體積增大會引起色譜圖中峰值極端變寬、分裂(雙峰)。
解決方法：用玻璃珠填充分離柱以減少死體積的影響，或更換分離柱。
儀器的系統泄漏、蠕動泵管的壓力不夠或蠕動泵管受損、過濾單元污染、抑制器的反向壓力過高等因素都會導致抑制器再生或沖洗無效。
解決方法：檢查連接部位，確保密閉：調節壓力或更換蠕動泵管：清洗過濾單元：清洗或更換抑制器。
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